Un Fiscal de la Delegada ante la Corte Suprema de Justicia abrió indagación por presuntos actos delictivos en los cuales habría incurrido el señor Brigadier General John Jairo Rojas Gómez cuando se desempeñó como comandante del Comando Conjunto No. 2 Suboccidente del Ejército.
El uniformado es seña lado de presuntas actividades irregulares de carácter operacional, administrativo y personal. En ese sentido, se adelantan tres líneas de acción, la primera estaría relacionada con actos de corrupción en el ejercicio de su cargo en Argelia (Cauca), donde habría tenido nexos con la estructura Diomer Cortés de la Segunda Marquetalia.
La segunda línea se refiere al acoso sexual del que habrían sido víctimas varias oficiales del Ejército.
La tercera con favorecimiento a organizaciones criminales. De acuerdo con el material probatorio, el uniformado habría permitido que se desarrollaran corredores de movilidad y operaciones de narcotráfico en el Cauca. Sus presuntas acciones delictivas habrían afectado el trabajo de las autoridades en la lucha contra grupos ilegales.